Příběh začíná, když za války "Severu proti Jihu" uprchne balónem z jižanského zajetí pětičlenná skupina vedená Cyrusem Smithem. Jejich balón je zahnán nad moře, kde je zničen, a uprchlíci se zachrání na pustém ostrově v jižním Tichém oceánu, 2000 km od nejbližšího obydleného místa, ostrovů Polynésie. Na počest amerického prezidenta a bojovníka proti otrokářství Abrahama Lincolna jej nazvou Lincolnův ostrov. Trosečníci si tu postupně s využitím svých rozsáhlých vědeckých a technických znalostí vybudují prostředí pro pohodlný život. Později k nim přibude ještě bývalý trestanec Ayrton, kterého trosečníci najdou na blízkém ostrově Tabor. Na román Dvacet tisíc mil pod mořem odkazuje postava umírajícího kapitána Nema, jehož ponorka Nautilus má na Lincolnově ostrově základnu. Kapitán Nemo nejprve tajně trosečníkům pomáhá a torpédem zničí loď pirátů, nemůže však odvrátit sopečnou katastrofu, která ostrov zničí. Přežijí trosečníci i tentokrát?